Akademik & kegiatan siswa
Mata pelajaran umum setara SMP, pendidikan agama Islam yang lebih dalam, dan kegiatan yang membentuk akhlak.
Kurikulum
MTs Al Wathoniyah 5 menjalankan Kurikulum Merdeka sesuai ketentuan Kementerian Agama untuk madrasah. Ijazah MTs setara dengan SMP, sehingga lulusan dapat melanjutkan ke MA, SMA, atau SMK. [KONFIRMASI: kurikulum & daftar mapel yang berlaku]
Pendidikan Agama Islam
Ciri khas madrasah
- Al-Qur'an Hadis
- Akidah Akhlak
- Fikih
- Sejarah Kebudayaan Islam
- Bahasa Arab
Mata pelajaran umum
Setara SMP
- Pendidikan Pancasila
- Bahasa Indonesia
- Matematika
- Ilmu Pengetahuan Alam
- Ilmu Pengetahuan Sosial
- Bahasa Inggris
- PJOK
- Informatika
- Seni Budaya
- Muatan lokal
Kegiatan keagamaan rutin
Diadakan bersama unit lain di yayasan, biasanya di lapangan YPI sebelum jam pelajaran.
- Pembiasaan pagi
- Kegiatan bersama di lapangan sebelum KBM, dimulai pukul 06.30.
- Khotmil Qur'an & tahlil
- Membaca Al-Qur'an sampai khatam dan tahlil bersama.
- Qashidah Burdah
- Pembacaan syair pujian kepada Nabi Muhammad SAW.
- Muhadhoroh
- Latihan ceramah dan berbicara di depan umum oleh siswa.
- Qiroatul Qur'an & saritilawah
- Tilawah Al-Qur'an beserta terjemahannya.

Kegiatan tahunan
MATSAMA
Masa Ta’aruf Siswa Madrasah untuk siswa baru kelas 7.
Pemilihan Ketua OSIM
Siswa MTs dan MA memilih pengurus organisasi siswa lewat kampanye dan pemungutan suara.
Maulid Nabi & haul pendiri
Peringatan bersama seluruh unit yayasan.
Hari Santri
Peringatan setiap 22 Oktober.
Haflah
Acara akhir tahun pelajaran dan pelepasan siswa.
Study tour & kegiatan luar kelas
Belajar di luar madrasah, termasuk permainan kelompok dan outbound.
Ekstrakurikuler
[ISI: daftar ekstrakurikuler, contoh Pramuka, Paskibra, Hadroh, Futsal]
Jam belajar
Masuk pagi. Pembiasaan dimulai pukul 06.30. [ISI: jam pulang & hari sekolah]